Не должен, зазор между шестернями главной пары 0,1-0,15 мм от 0,08 до 0,17 мм, если у тебя оно уже звенит, значит там зазор минимум раз в 10 превышает норму.
Не может, подшипник в силу своей конструкции принципе не может издавать одиночных стуков, тем более звонких, только ритмично повторяющиеся. Тем более ,ты сам пишешь, что стук сзади, так при чем тут первичный вал вообще?
Еще раз, звонкий одиночный стук при старте - это износ в главной паре, либо в убитых крестовинах, но крестовины ты уже поменял. Зачем пальцем в небо тыкать?