А я посоветую "перебрать", но правильнее - отремонтировать. Скачать мануал по ремонту КПП и все по мануалу отремонтировать, выдержать зазоры, моменты затяжки, поставить хорошие детали, можно и б.у.
Дальше о причине воя на 1-3 передачах. Начнем с того что не воет на 4й передаче, ну и на нейтральной. При движении на включенной 4й передаче у нас нагружены подшипники первичного и вторичного валов, значит если не воет в этом случае, то и подшипники эти в порядке, промежуточный вал в это время тоже вращается, но он не передает момента, его подшипники не нагружены.
Что же воет на 1-3 передачах? А вот подшипники промежуточного вала и воют, на этих передачахвал передает момент, и подшипники его нагружены. Я лично считаю,что эти подшипники являются конструкторским просчетом, или ошибкой при проэктировании этой КПП. Ролики подшипника катятся по оси промвала. При ремонте своей КПП я использовал на запчасти три разобранных коробки, и у всех эта ось была изношена в раене качения роликов, особено спереди. Поэтому при ремонте ставьте эту ось новую, и ролики ставьте новые. Оси и ролики продаются уже подобранными по размеру, в продаже они есть. И будет все гуд.
Ну и масла тоже , следите за уровнем, я в своем 2140 использовал недорогую трансмиссионную полусинтетику.