Такого не может быть. Питаешь отдельно, но через замок зажигания? Или вообще отдельно? Хотя стоп, через магнитолу может "гулять". Диод нужОн!
Не, я че-то туплю. Не должно никак по теории. Где-то массу ловит. Может, через антенну? Самый проостой способ: возьми магнитолу в руки, провода отдельно, включи, а массу выключи. Если работает - двигайся дальше. После каждой операции смотри, не появляется ли ненужное питание. И так шаг за шагом, там негде заблудиться...